4 清朝
4.1 汤若望的历狱
顺治十六年（1659年），耶稣会比利时传教士南怀仁来华传教。
康熙四年（1665年），杨光先上书《辟缪论》，诬告汤若望《时宪历》十谬。顾命大臣鳌拜不满汉人及外邦人参议朝政，于是支持杨光先，把汤若望收押狱中，并株连许多在华传教士，史称“历狱”。
4.2 中国礼仪之争
康熙三十二年（1693年），巴黎外方传教会的颜珰主教在他所管辖的福建代牧区内，发布了禁止中国教徒实行中国礼仪的禁令，引发天主教罗马教廷与中国清王朝的对抗。最终导致雍正二年（1724年），雍正皇帝下谕，禁止传习天主教。
康熙九年（1670年），方济各会西班牙籍教士利安定来华。
康熙二十七年（1688年）法国耶稣会派白晋、洪若瀚来华。
康熙三十四年（1695年），耶稣会法国传教士艾若瑟到中国澳门传教，1699年至1701年到河南开封、山西太原接管教务。
康熙四十六年（1707年），康熙帝为澄清中国礼仪之争，派遣艾若瑟出使罗马教廷，中国教徒樊守义随行。
康熙四十六年（1707年）至乾隆十年(1745年)，天主教嘉布遣会（Capuchin）修士定居拉萨，后被驱逐。
康熙五十五年（1716年)，耶稣会士伊波利托·德西德里神父进入拉萨。
康熙五十六年（1717年），第一届俄国东正教北京传道团抵达北京。
康熙五十九年（1720年，罗马教廷为中国礼仪之争事，派嘉乐主教来华，重新禁令。
雍正二年（1724年），雍正皇帝下谕，禁止传习天主教。
雍正五年（1727年），中俄签订《布连斯奇条约》，中方正式允许俄國派東正教教士到中國傳教。
雍正乾隆年间，清政府对于天主教的态度一度松弛。
道光十八年（1838年）由于反天主教势力与天主教摩擦不断，清政府取缔了天主教在华的一切活动，许多天主教堂被政府没收，直到第二次鸦片战争结束后才将教堂发还，因产权纠纷，引发许多教案。
4.3 基督教新教传入中国
嘉庆十二年（1807年），第一位新教传教士，新教英国伦敦会的马礼逊来华传教。七年之後，第一個中國新教徒蔡高受洗。
道光十年（1830年），美国公理会裨治文抵达广州，他是新教第一位来华的美国传教士。
道光十五年（1835年），美国公理会传教士伯驾医生抵达广州，在广州十三行内新豆栏街成立了广州眼科医局，免费为病人治病，同时传教。
道光二十三年（1843年），英国伦敦会传教士 麦都思、艾约瑟来上海创立墨海书馆。
4.4 第一次鸦片战争与传教
道光二十四年（1844年），中美签订《中美望厦条约》，允许美国人可以在五个条约港口购买地产来建教堂、医院和墓地。
道光二十四年（1844年），中法签订《中法黄埔条约》， 准许法国人在五个口岸建堂，弛禁天主教。
道光二十七年（1847年），英国伦敦会传教士麦都思、米怜在上海重新组织翻译《圣经》。1850年《新约》翻译完毕，1853年，《旧约》翻译完毕。这部新译的《新约》被称为“代表译本”《圣经》。代表译本被英国圣经会采纳为海外标准本，成为当时中国最广为流行的圣经译本
咸丰四年（1854年），英国传教士戴德生受中华传道会（福汉会）派遣，第一次来华，抵达上海。
4.5 马神甫事件与第二次鸦片战争
咸丰六年（1856年），巴黎外方传教会法国教士马赖在广西被杀，成为法国参加第二次鸦片战争的借口。
4.6 深入内地
同治五年（1866年），戴德生以基督教新教内地会名义率领一批传教士来华，抵达上海。
同治九年（1870年），发生涉及法国天主教的天津教案。
同治十年（1871年），加拿大长老会传教士馬偕医生抵達香港，輾轉經過廣州，汕頭等地之後到達台灣進行「醫療宣教」
光绪五年（1879年）美国圣公会上海主教施约瑟(S. J. Sekoresehewsky)在上海成立圣约翰学院，1905年改名为圣约翰大学。这是中国最早的教会大学。
光绪九年（1883年），香港美国公理会传教士喜嘉理为孙中山、陆皓东等人行洗礼。
光绪十三年（1887年），英国伦敦会传教士韦廉臣(Alexander Williamson, 1829-1890)发起成立广学会。这是中国近代第一个全面介绍西方科学文化的出版机构。
光绪二十一年（1895年），美国公理会传教士丁家立（Tenney Charles Daniel）出任天津北洋西学学堂总教习。
4.7 曹州教案与胶州湾被强占
光绪二十三年（1897年），发生涉及德国天主教的曹州教案，成为德国占领胶州湾的借口。
4.8 义和团事件与庚子赔款
光绪二十四年（1898年），美北长老会传教士丁韪良出任京师大学堂西文总教习。
光绪二十六年（1900年），在北京、天津和中国北方主要省份，发生大规模迫害屠杀天主教和新教的义和团运动，成为八国联军入侵北京的借口。
光绪二十八年（1902年），英国浸信会传教士李提摩太(Timothy Richard)建议将庚子晋省教案赔款白银50万两就地兴办中西大学堂。经中英双方议定，合办山西大学堂。
光绪三十二年（1906年），在武昌美国圣公会牧师胡兰亭支持下，该会教会阅报室“日知会”司理、基督徒刘静庵组织日知会，宣传反清革命主张。
光绪三十二年（1906年），美国公理会传教士明恩溥（A．H．Smith）回美国宣传“退款办学”，并求见总统西奥多·罗斯福，建议用清政府的“庚子赔款”在中国办教育，和资助中国学生来美国留学。
Rev. Dr. Nathan Sites （薛承恩）
4.9 早期新教传教士
主条目：中国基督教新教
马礼逊，1807年来华。
郭实腊
裨治文
伯驾 (第一位医疗传教士)
麦都思
薛承恩
戴德生
李提摩太
第一位殉道的中国新教徒是广东博罗的Che Kam Kong ( Chea Kunkong)，他1865年去香港，1866年成为基督徒。5年中带领博罗一百余人信教。长辈不满他抛弃传统，警告他停止传教，但被他拒绝。1871年被捕，被强迫放弃信仰。他说，"你能杀我的肉身，不能杀我的灵魂"，随后被推出城门杀害；尸体被扔进附近的河里。
5 中華民国
直到民国成立以后，中華民國臨時憲法中保障了宗教自由，加上當時很多革命人士以及支持革命的人也是新教徒（例如： 孫中山 、宋教仁、廖德山，以至後期的蔣介石和張學良等），因而在民國以後新教的發展比清朝時好，直到1949年中共成立中華人民共和國成立為止。至中华人民共和国成立前夕，基督徒人数近70万人。
由于新教(反對教)教义强调只能拜上帝，不能拜其他偶像，因此与"祭奠祖先"等很多中国传统习俗产生了很大抵触，使得基督教之前在中国一直没有得到很好的传播和发展，直到后来来中国传教的剛恆毅(1876年-1958年)与雷鸣远神父解释中国人祭祖敬孔礼并不违背教会的信仰，中国人这么地做是为了向已亡的父母和祖先表达尊敬。教宗碧岳十二世因而在1939年12月8日删除了祭祖敬孔的禁令，才解决了这一问题。然而，新教一直也不接受中国人拜祖先。(彭育申，2000)
5.1 非基督教运动
1919年巴黎和会对中国的不公，引发五四运动，之后也引发了一场从1922年到1927年间的“非基督教运动”。这场运动与义和团运动不同的是，主要参加者是激进知识青年。
5.2 本土自立教会的形成
主条目：中国自立教会
“非基督教运动”的反帝国主义行动，促进了中国人独立教会“自治、自养、自传”的实践。倪柝声创办的地方教会，就诞生在这个时代。
5.3 抗战时期
因为战争，男性都参军去，外国传教士被抓进集中营去，为了延续教会事奉，中华圣公会决定在香港按立一位女性(李添嬡女士)成为牧师，然后派往澳門赴任，成为全世界第一位被按立的女性牧师。中华圣公会的决定引起当时全世界教会的反弹，因为过去女性从来没有担任过教会内任何重要职位。在普世圣公宗其他教省要求之下，该位女牧师被逼辞去牧师之职位；另一方面，中华圣公会努力斡旋，陈明当时中国形势的险峻。最后，中华圣公会的决定终于得到普世圣公宗其他教省得认同。
书籍The Small Woman和电影Inn of the Sixth Happiness讲述的是传教士艾伟德的故事。
5.4 别了，司徒雷登！
“别了，司徒雷登！”是中国共产党领袖毛泽东于1949年写的一篇文章的题目，评论美国驻中国大使司徒雷登无奈离开共产党新中国的事情。司徒雷登首先是美南长老会传教士，其次是教育家，创办了燕京大学，最后才使外交家。司徒雷登的经历十分典型，代表了基督教在民国时代的经历和结局。
